docs: update documentation to reflect new project structure

- Update README.md with new project structure and installation instructions
- Update docs/installation.md with simplified setup process
- Update docs/configuration.md with correct file paths
- Update docs/index.md with new documentation structure
- Add docs/project-structure.md with detailed architecture overview
- Reflect changes from refactoring: app/ directory structure, .env file usage
- Update installation instructions to use docker compose up --build -d
- Add comprehensive project structure documentation

README.md

@@ -99,6 +99,17 @@ LogBoard+ особенно полезен для разработчиков, р
    cd logboard
    ```
 
+2. **Настройка переменных окружения**
+   ```bash
+   cp env.example .env
+   # Отредактируйте .env файл при необходимости
+   ```
+
+3. **Запуск приложения**
+   ```bash
+   docker compose up --build -d
+   ```
+
 2. **Настройка переменных окружения**
    ```bash
    make setup
@@ -161,19 +172,51 @@ make debug-status
 
 ```
 logboard/
-├── app.py                 # Основное приложение FastAPI
+├── app/                    # Основная папка приложения
+│   ├── __init__.py        # Инициализация пакета
+│   ├── app.py             # Основное приложение FastAPI
+│   ├── excluded_containers.json  # Исключенные контейнеры
+│   ├── api/               # API модули
+│   │   ├── __init__.py
+│   │   └── v1/
+│   │       ├── __init__.py
+│   │       ├── router.py  # Основной роутер API
+│   │       └── endpoints/ # API endpoints
+│   │           ├── __init__.py
+│   │           ├── auth.py        # Аутентификация
+│   │           ├── containers.py  # Управление контейнерами
+│   │           ├── logs.py        # Логи
+│   │           ├── pages.py       # HTML страницы
+│   │           ├── settings.py    # Настройки
+│   │           └── websocket.py   # WebSocket API
+│   ├── core/              # Основные модули
+│   │   ├── __init__.py
+│   │   ├── auth.py        # Аутентификация и авторизация
+│   │   ├── config.py      # Конфигурация приложения
+│   │   ├── docker.py      # Работа с Docker API
+│   │   └── logger.py      # Система логирования
+│   ├── models/            # Модели данных
+│   │   ├── __init__.py
+│   │   └── auth.py        # Модели аутентификации
+│   ├── static/            # Статические файлы
+│   │   ├── css/           # CSS стили
+│   │   ├── js/            # JavaScript файлы
+│   │   ├── images/        # Изображения
+│   │   └── fonts/         # Шрифты
+│   └── templates/         # HTML шаблоны
+│       ├── index.html     # Главная страница
+│       ├── login.html     # Страница входа
+│       └── error.html     # Страницы ошибок
+├── docs/                  # Документация
+├── snapshots/             # Снимки логов
+├── screenshots/           # Скриншоты интерфейса
+├── .env                   # Переменные окружения (создается из env.example)
+├── env.example            # Пример переменных окружения
 ├── docker-compose.yml     # Конфигурация Docker Compose
 ├── Dockerfile            # Образ Docker
 ├── requirements.txt      # Зависимости Python
-├── Makefile             # Команды управления
-├── env.example          # Пример переменных окружения
-├── excluded_containers.json  # Исключенные контейнеры
-├── templates/           # HTML шаблоны
-│   ├── index.html      # Главная страница
-│   ├── login.html      # Страница входа
-│   └── error.html      # Страницы ошибок
-├── snapshots/          # Снимки логов
-└── screenshots/        # Скриншоты интерфейса
+├── start.sh              # Скрипт запуска
+└── README.md             # Документация проекта
 ```
 
 ## API Документация
@@ -210,6 +253,12 @@ logboard/
 
 ### Переменные окружения
 
+Приложение использует файл `.env` для конфигурации. Создайте его из `env.example`:
+
+```bash
+cp env.example .env
+```
+
 Основные настройки приложения:
 
 | Переменная | Описание | По умолчанию |
@@ -219,6 +268,9 @@ logboard/
 | `LOGBOARD_PASS` | Пароль пользователя | `admin` |
 | `LOGBOARD_TAIL` | Количество строк логов | `500` |
 | `SECRET_KEY` | Секретный ключ JWT | `your-secret-key-here` |
+| `ENCRYPTION_KEY` | Ключ шифрования | `your-encryption-key-here` |
+| `AUTH_ENABLED` | Включить аутентификацию | `true` |
+| `LOG_LEVEL` | Уровень логирования | `INFO` |
 
 ### Настройка проектов
 
@@ -234,7 +286,7 @@ LOGBOARD_PROJECTS=project1,project2,project3
 
 ### Исключение контейнеров
 
-Создайте файл `excluded_containers.json`:
+Файл `app/excluded_containers.json` содержит список контейнеров, которые не будут отображаться в интерфейсе:
 
 ```json
 {